职能部门
科研处
负责研究院各种项目申报、过程管理、验收及其结题工作；负责与企业项目的争取、过程管理、验收及其交付工作；负责各类专利的申报和专利的评估等工作；负责院各类平台申报和管理工作；负责人才引进和人才项目的管理工作；负责科技成果奖项申报和科研论文的统计管理工作。
综合处
负责研究院财务管理工作；负责人事管理工作；负责行政管理工作；负责院重大活动的组织管理工作；负责工作计划和总结工作；负责档案管理工作；负责后勤管理工作；负责党群工作。
成果转化处
负责研究院平台公司运营和管理、相关基金公司的设立与运营；对研究院自主研发的科技成果进行科技成果转移转化；负责对院参股和控股的项目公司的管理工作；与锐境公司一起对引入的外部科研成果和项目公司进行管理。
科技服务中心
科技服务平台由委托第三方科技服务公司温州锐境科技有限公司负责。主要负责依托各种空间载体引进外部创新创业团队及产业化项目，提供技术、资本、市场、管理、园区、政策、品牌等服务。